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甲型H3N2流感病毒基因特征全基因组测序分析

曹蓝 李魁彪 陈艺韵 吴迪 曾庆 夏丹 刘艳慧 狄飚 张周斌

曹蓝, 李魁彪, 陈艺韵, 吴迪, 曾庆, 夏丹, 刘艳慧, 狄飚, 张周斌. 甲型H3N2流感病毒基因特征全基因组测序分析[J]. 中国公共卫生, 2022, 38(3): 302-308. doi: 10.11847/zgggws1131843
引用本文: 曹蓝, 李魁彪, 陈艺韵, 吴迪, 曾庆, 夏丹, 刘艳慧, 狄飚, 张周斌. 甲型H3N2流感病毒基因特征全基因组测序分析[J]. 中国公共卫生, 2022, 38(3): 302-308. doi: 10.11847/zgggws1131843
CAO Lan, LI Kui-biao, CHEN Yi-yun, . Whole-genome sequencing-based genetic analysis of influenza A (H3N2) virus strains isolated in Guangzhou city[J]. Chinese Journal of Public Health, 2022, 38(3): 302-308. doi: 10.11847/zgggws1131843
Citation: CAO Lan, LI Kui-biao, CHEN Yi-yun, . Whole-genome sequencing-based genetic analysis of influenza A (H3N2) virus strains isolated in Guangzhou city[J]. Chinese Journal of Public Health, 2022, 38(3): 302-308. doi: 10.11847/zgggws1131843

甲型H3N2流感病毒基因特征全基因组测序分析

doi: 10.11847/zgggws1131843
基金项目: 广东省自然科学基金(2019A1515011510;2019A1515011407);广州市卫生健康科技项目(20201A011052;20191A011064;20201A011067);广州市医学重点学科建设项目(2017 – 2019 – 07);国家科技重大专项 (2017ZX10103011 – 005);广东省医学科学技术研究基金(A2019149;A2019379;A2020399)
详细信息
    作者简介:

    曹蓝(1986 – ),女,黑龙江人,兽医师,硕士,研究方向:呼吸道病毒分子流行病学研究

    通讯作者:

    张周斌,E-mail:gzcdczzb@gzcdc.org.cn

  • 中图分类号: R 858;R 181

Whole-genome sequencing-based genetic analysis of influenza A (H3N2) virus strains isolated in Guangzhou city

  • 摘要:   目的   通过对H3N2流感病毒进行全基因组序列基因特征分析,为H3N2流感的科学防控提供研究数据。  方法   选取2019年广东省广州市13株H3N2流感病毒进行全基因组序列测定,通过生物信息学软件分析各基因特征。  结果   各基因核苷酸同源性最低为94 %,最高为100 %,差异最大为NA基因(94 %~100 %),差异最小为PA基因(98.9 %~100 %)。各基因核苷酸位点变异率最高为NA基因(8.37 %),最低为PA基因(2.14 %),不同基因核苷酸变异率差异具有统计学意义(χ2 = 123.503,P = 0.000)。各基因均与疫苗株A/HONG KONG/2671/2019(H3N2)归属于同一进化分支,且来源于门诊监测毒株与暴发疫情毒株进化起源相同。根据流行时间的不同,HAPB2PB1NPMNS基因可以继续划分为Group 1 – 3 三个小分支,Group 1 分支流行于2019年1 — 8月,Group 2 分支流行于2019年11 — 12月,Group 3 分支同时包含2019年1 — 8月和2019年11 — 12月流行期的毒株。  结论   2019年广州H3N2流感病毒与疫苗株位属于同一进化分支,不同来源毒株具有相同的进化起源。但全基因组在进化特点、同源性、分子变异率等方面存在基因多样性差异。
  • 图  1  H3N2流感病毒PB2基因遗传进化树

    图  8  H3N2流感病毒NS基因遗传进化树

    图  2  H3N2流感病毒PB1基因遗传进化树

    图  3  H3N2流感病毒PA基因遗传进化树

    图  4  H3N2流感病毒HA基因遗传进化树

    图  5  H3N2流感病毒NA基因遗传进化树

    图  6  H3N2流感病毒NP基因遗传进化树

    图  7  H3N2流感病毒M基因遗传进化树

    表  1  13株H3N2流感病毒全基因组同源性、变异率及基因进化距离

    基因同源性(%)变异率(%,发生变异位点数/总位点数)进化距离
    核苷酸氨基酸核苷酸氨基酸
    HA98.1~99.997~1004.11,70/17014.76,27/5670.001~0.020
    NA94~10090.4~1008.37,118/141012.55,59/4700.000~0.067
    PB297.9~10098.2~1003.68,84/22802.5,19/7600.000~0.022
    PB198.5~10099.3~1002.5,57/22740.92,7/7580.000~0.016
    PA98.9~10099.3~1002.14,46/21511.11,8/7170.000~0.012
    NP98.4~10098.8~1002.67,40/14971.60,8/4990.000~0.016
    M98.8~10099.6~1002.24,17/7590.79,2/2530.000~0.012
    NS98~10096.5~1003.46,24/6936.49,5/2310.000~0.021
    χ2 = 123.503
    P = 0.000
    χ2 = 167.025
    P = 0.000
    下载: 导出CSV
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出版历程
  • 收稿日期:  2020-07-31
  • 网络出版日期:  2021-11-16
  • 刊出日期:  2022-03-10

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