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夜间光暴露小鼠肝脏蛋白质组学分析

王越凡 张榕 胡爽 刘璇 李鹏翔 高霞 魏守刚

王越凡, 张榕, 胡爽, 刘璇, 李鹏翔, 高霞, 魏守刚. 夜间光暴露小鼠肝脏蛋白质组学分析[J]. 中国公共卫生. doi: 10.11847/zgggws1138847
引用本文: 王越凡, 张榕, 胡爽, 刘璇, 李鹏翔, 高霞, 魏守刚. 夜间光暴露小鼠肝脏蛋白质组学分析[J]. 中国公共卫生. doi: 10.11847/zgggws1138847
WANG Yue-fan, ZHANG Rong, HU Shuang, . Differential protein expressions in liver of mice exposed to light at night: a proteomics analysis[J]. Chinese Journal of Public Health. doi: 10.11847/zgggws1138847
Citation: WANG Yue-fan, ZHANG Rong, HU Shuang, . Differential protein expressions in liver of mice exposed to light at night: a proteomics analysis[J]. Chinese Journal of Public Health. doi: 10.11847/zgggws1138847

夜间光暴露小鼠肝脏蛋白质组学分析

doi: 10.11847/zgggws1138847
基金项目: 国家自然科学基金(81773451)
详细信息
    作者简介:

    王越凡(1996 – ),女,内蒙古鄂尔多斯人,硕士在读,研究方向:肥胖的病因机制

    通讯作者:

    魏守刚,E-mail:shangwei@ccmu.edu.cn

  • 中图分类号: R 575

Differential protein expressions in liver of mice exposed to light at night: a proteomics analysis

  • 摘要:   目的  筛选分析夜间光暴露小鼠肝脏中差异表达蛋白及其生物学意义。  方法  选择健康雄性C57BL/6J小鼠随机分为夜间光暴露组和对照组,每组8只。夜间光暴露组光照/黑暗周期为24 h/0 h,对照组为12 h/12 h,连续10 d。应用串联质谱标签(TMT)技术寻找并鉴定差异表达蛋白质,对差异蛋白进行GO富集分析和KEGG信号通路分析。  结果  共鉴定383种差异表达蛋白质,其中215种蛋白质表达水平上调,168种蛋白质表达水平下调。GO功能富集分析和KEGG信号通路分析表明差异表达蛋白质主要分布在胞质部分,分子功能以蛋白结合为主,主要参与蛋白质和脂质等生物代谢过程,作用途径涉及氧化磷酸化信号通路、肿瘤坏死因子(TNF)信号通路、维甲酸诱导基因I(RIG-I)样受体信号通路等。线粒体细胞色素C氧化酶亚基3(MT-CO3)、粒体Fo复合体亚基F2(ATP5J2)、E3泛素连接酶(ITCH)、核因子κB p65亚基(NF-κB p65)、核因子κB激酶抑制剂β亚基(IKBKB)等蛋白分子可能在其中起到关键作用。  结论  根据差异表达蛋白及其作用分析,夜间光暴露可能有致肥胖、癌症的危险。
  • 图  1  差异表达蛋白的火山图

    表  1  蛋白组学数据库检索参数

    检索项目检索参数
    固定修饰(fixed modifications)carbamidomethyl (C)
    可变修饰(variable modifications)oxidation (M)
    酶(enzyme)trypsin
    遗漏酶切位点(maximum missed cleavages)2
    一级质谱误差(peptide mass tolerance)20 ppm
    二级质谱误差(fragment mass tolerance)0.6 Da
    肽段/碎片离子质量数(mass values)monoisotopic(单同位素)
    显著性阈值(significance threshold)0.05
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    表  2  差异表达蛋白GO分类注释

    类别功能分类差异蛋白比例(%)
    生物过程
    (biological process)
    有机氮化合物代谢进程
    代谢过程
    大分子定位
    细胞成分组织
    定位
    未知与其他
    45
    28
    6
    5
    3
    13
    细胞组分
    (cell component)
    胞质部分
    膜结合细胞器
    细胞质
    其他细胞成分
    未知与其他
    62
    14
    9
    3
    12
    分子功能
    (molecular function)
    蛋白结合
    结合
    多聚腺苷酸RNA结合蛋白
    催化活性
    RNA结合
    未知与其他
    44
    15
    13
    12
    2
    14
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    表  3  KEGG通路富集类别

    一级分类二级分类代谢通路涉及差异蛋白数量
    代谢能量代谢氧化磷酸化9
    核苷酸代谢嘧啶代谢6
    其他氨基酸的代谢谷胱甘肽代谢4
    糖类生物合成与代谢其他类型的O-聚糖生物合成3
    遗传信息处理翻译mRNA监测通路6
    环境信息处理信号转导TNF信号通路7
    mTOR信号通路5
    NF-κB信号通路6
    生物体系统免疫系统RIG-I样受体信号通路5
    NOD样受体信号通路4
    细胞质DNA感应通路4
    内分泌系统脂肪细胞因子信号通路5
    排泄系统集合管酸分泌3
    人类疾病内分泌和代谢性疾病非酒精性脂肪肝(NAFLD)8
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    表  4  差异蛋白KEGG通路富集结果

    代谢通路上调蛋白质下调蛋白质
    氧化磷酸化(oxidative phosphorylation) Atp6v1d、Atp5l Mt-Co3、Atp5j2、Tcirg1、Atp6v0c、Atp5g2、Ndufb8、Cox8a
    TNF信号通路
    (TNF signaling pathway)
    Itch、Ripk1、Rela、Tradd、Ikbkb Icam1、Pgam5
    RIG-I样受体信号通路
    (RIG-I-like receptor signaling pathway)
    Ripk1、Isg15、Rela、Tradd、Ikbkb
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出版历程
  • 收稿日期:  2022-04-15
  • 网络出版日期:  2023-01-10

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