高级检索

留言板

尊敬的读者、作者、审稿人, 关于本刊的投稿、审稿、编辑和出版的任何问题, 您可以本页添加留言。我们将尽快给您答复。谢谢您的支持!

姓名
邮箱
手机号码
标题
留言内容
验证码

夜间光暴露小鼠肝脏蛋白质组学分析

王越凡 张榕 胡爽 刘璇 李鹏翔 高霞 魏守刚

王越凡, 张榕, 胡爽, 刘璇, 李鹏翔, 高霞, 魏守刚. 夜间光暴露小鼠肝脏蛋白质组学分析[J]. 中国公共卫生, 2023, 39(3): 353-356. doi: 10.11847/zgggws1138847
引用本文: 王越凡, 张榕, 胡爽, 刘璇, 李鹏翔, 高霞, 魏守刚. 夜间光暴露小鼠肝脏蛋白质组学分析[J]. 中国公共卫生, 2023, 39(3): 353-356. doi: 10.11847/zgggws1138847
WANG Yue-fan, ZHANG Rong, HU Shuang, . Differential protein expressions in liver of mice exposed to light at night: a proteomics analysis[J]. Chinese Journal of Public Health, 2023, 39(3): 353-356. doi: 10.11847/zgggws1138847
Citation: WANG Yue-fan, ZHANG Rong, HU Shuang, . Differential protein expressions in liver of mice exposed to light at night: a proteomics analysis[J]. Chinese Journal of Public Health, 2023, 39(3): 353-356. doi: 10.11847/zgggws1138847

夜间光暴露小鼠肝脏蛋白质组学分析

doi: 10.11847/zgggws1138847
基金项目: 国家自然科学基金(81773451)
详细信息
    作者简介:

    王越凡(1996 – ),女,内蒙古鄂尔多斯人,硕士在读,研究方向:肥胖的病因机制

    通信作者:

    魏守刚,E-mail:shangwei@ccmu.edu.cn

  • 中图分类号: R 575

Differential protein expressions in liver of mice exposed to light at night: a proteomics analysis

  • 摘要:   目的  筛选分析夜间光暴露小鼠肝脏中差异表达蛋白及其生物学意义。  方法  选择健康雄性C57BL/6J小鼠随机分为夜间光暴露组和对照组,每组8只。夜间光暴露组光照/黑暗周期为24 h/0 h,对照组为12 h/12 h,连续10 d。应用串联质谱标签(TMT)技术寻找并鉴定差异表达蛋白质,对差异蛋白进行GO富集分析和KEGG信号通路分析。  结果  共鉴定383种差异表达蛋白质,其中215种蛋白质表达水平上调,168种蛋白质表达水平下调。GO功能富集分析和KEGG信号通路分析表明差异表达蛋白质主要分布在胞质部分,分子功能以蛋白结合为主,主要参与蛋白质和脂质等生物代谢过程,作用途径涉及氧化磷酸化信号通路、肿瘤坏死因子(TNF)信号通路、维甲酸诱导基因I(RIG-I)样受体信号通路等。线粒体细胞色素C氧化酶亚基3(MT-CO3)、粒体Fo复合体亚基F2(ATP5J2)、E3泛素连接酶(ITCH)、核因子κB p65亚基(NF-κB p65)、核因子κB激酶抑制剂β亚基(IKBKB)等蛋白分子可能在其中起到关键作用。  结论  根据差异表达蛋白及其作用分析,夜间光暴露可能有致肥胖、癌症的危险。
  • 图  1  差异表达蛋白的火山图

    表  1  蛋白组学数据库检索参数

    检索项目检索参数
    固定修饰(fixed modifications)carbamidomethyl (C)
    可变修饰(variable modifications)oxidation (M)
    酶(enzyme)trypsin
    遗漏酶切位点(maximum missed cleavages)2
    一级质谱误差(peptide mass tolerance)20 ppm
    二级质谱误差(fragment mass tolerance)0.6 Da
    肽段/碎片离子质量数(mass values)monoisotopic(单同位素)
    显著性阈值(significance threshold)0.05
    下载: 导出CSV

    表  2  差异表达蛋白GO分类注释

    类别功能分类差异蛋白比例(%)
    生物过程
    (biological process)
    有机氮化合物代谢进程
    代谢过程
    大分子定位
    细胞成分组织
    定位
    未知与其他
    45
    28
    6
    5
    3
    13
    细胞组分
    (cell component)
    胞质部分
    膜结合细胞器
    细胞质
    其他细胞成分
    未知与其他
    62
    14
    9
    3
    12
    分子功能
    (molecular function)
    蛋白结合
    结合
    多聚腺苷酸RNA结合蛋白
    催化活性
    RNA结合
    未知与其他
    44
    15
    13
    12
    2
    14
    下载: 导出CSV

    表  3  KEGG通路富集类别

    一级分类二级分类代谢通路涉及差异蛋白数量
    代谢能量代谢氧化磷酸化9
    核苷酸代谢嘧啶代谢6
    其他氨基酸的代谢谷胱甘肽代谢4
    糖类生物合成与代谢其他类型的O-聚糖生物合成3
    遗传信息处理翻译mRNA监测通路6
    环境信息处理信号转导TNF信号通路7
    mTOR信号通路5
    NF-κB信号通路6
    生物体系统免疫系统RIG-I样受体信号通路5
    NOD样受体信号通路4
    细胞质DNA感应通路4
    内分泌系统脂肪细胞因子信号通路5
    排泄系统集合管酸分泌3
    人类疾病内分泌和代谢性疾病非酒精性脂肪肝(NAFLD)8
    下载: 导出CSV

    表  4  差异蛋白KEGG通路富集结果

    代谢通路上调蛋白质下调蛋白质
    氧化磷酸化(oxidative phosphorylation) Atp6v1d、Atp5l Mt-Co3、Atp5j2、Tcirg1、Atp6v0c、Atp5g2、Ndufb8、Cox8a
    TNF信号通路
    (TNF signaling pathway)
    Itch、Ripk1、Rela、Tradd、Ikbkb Icam1、Pgam5
    RIG-I样受体信号通路
    (RIG-I-like receptor signaling pathway)
    Ripk1、Isg15、Rela、Tradd、Ikbkb
    下载: 导出CSV
  • [1] Bauer M, Glenn T, Monteith S, et al. The potential influence of LED lighting on mental illness[J]. The World Journal of Biological Psychiatry, 2018, 19(1): 59 – 73. doi: 10.1080/15622975.2017.1417639
    [2] Cho Y, Ryu SH, Lee BR, et al. Effects of artificial light at night on human health: a literature review of observational and experimental studies applied to exposure assessment[J]. Chronobiology Inter-national, 2015, 32(9): 1294 – 1310. doi: 10.3109/07420528.2015.1073158
    [3] Hunter CA, Kartal F, Koc ZC, et al. Mitochondrial oxidative phosphorylation is impaired in TALLYHO mice, a new obesity and type 2 diabetes animal model[J]. The International Journal of Biochemistry and Cell Biology, 2019, 116: 105616. doi: 10.1016/j.biocel.2019.105616
    [4] Moreno-Navarrete JM, Moreno M, Ortega F, et al. CISD1 in association with obesity - associated dysfunctional adipogenesis in human visceral adipose tissue[J]. Obesity, 2016, 24(1): 139 – 147. doi: 10.1002/oby.21334
    [5] Corsi S, Iodice S, Vigna L, et al. Platelet mitochondrial DNA methylation predicts future cardiovascular outcome in adults with overweight and obesity[J]. Clinical Epigenetics, 2020, 12(1): 29. doi: 10.1186/s13148-020-00825-5
    [6] Flaquer A, Baumbach C, Kriebel J, et al. Mitochondrial genetic variants identified to be associated with BMI in adults[J]. PLoS One, 2014, 9(8): e105116. doi: 10.1371/journal.pone.0105116
    [7] Ghnaimawi S, Baum J, Liyanage R, et al. Concurrent EPA and DHA supplementation impairs brown adipogenesis of C2C12 cells[J]. Frontiers in Genetics, 2020, 11: 531. doi: 10.3389/fgene.2020.00531
    [8] Yang XD, Xiang DX, Yang YY. Role of E3 ubiquitin ligases in insulin resistance[J]. Diabetes, Obesity and Metabolism, 2016, 18(8): 747 – 754. doi: 10.1111/dom.12677
    [9] Marino A, Menghini R, Fabrizi M, et al. ITCH deficiency protects from diet - induced obesity[J]. Diabetes, 2014, 63(2): 550 – 561. doi: 10.2337/db13-0802
    [10] Pyo JS, Kang G, Kim DH, et al. Activation of nuclear factor - κB contributes to growth and aggressiveness of papillary thyroid carcinoma[J]. Pathology – Research and Practice, 2013, 209(4): 228 – 232. doi: 10.1016/j.prp.2013.02.004
    [11] Krazinski BE, Kowalczyk AE, Sliwinska-Jewsiewicka A, et al. IKBKB expression in clear cell renal cell carcinoma is associated with tumor grade and patient outcomes[J]. Oncology Reports, 2019, 41(2): 1189 – 1197.
  • 加载中
图(1) / 表(4)
计量
  • 文章访问数:  272
  • HTML全文浏览量:  103
  • PDF下载量:  23
  • 被引次数: 0
出版历程
  • 接收日期:  2022-04-15
  • 网络出版日期:  2023-01-10
  • 刊出日期:  2023-03-10

目录

    /

    返回文章
    返回