云南省边境地区由新冠病毒原型株和奥密克戎变异株引起的两起新冠肺炎疫情流行特征对比分析

邱玉冰; 贾曼红; 陈金瓯; 郑尔达; 杨云斌; 杨蕊; 杨星; 李真晖; 付朝智; 许琳

doi:10.11847/zgggws1139133

云南省边境地区由新冠病毒原型株和奥密克戎变异株引起的两起新冠肺炎疫情流行特征对比分析

doi: 10.11847/zgggws1139133

云南省疾病预防控制中心结核病防治所，云南昆明 650022

详细信息

作者简介:
邱玉冰（1979 – ），女，云南人，本科，副主任医师，主要从事结核病防治工作

通讯作者:
许琳，E-mail：123316859@qq.com

中图分类号: R 183
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出版历程
- 接收日期: 2022-07-02
- 网络出版日期: 2022-07-15
- 刊出日期: 2022-09-30

Epidemiological characteristics of two COVID-19 outbreaks caused by SARS-CoV-2 prototype and Omicron variant in border area of Yunnan province: a comparative analysis

Institute of Tuberculosis Prevention and Control, Yunnan Provincial Center for Disease Control and Prevention, Kunming, Yunnan Province 650022, China

摘要

摘要: 目的了解由新冠病毒原型株和奥密克戎变异株引起的新冠肺炎疫情流行病学特征差异，总结防控经验，为云南边境地区实时调整防控措施提供参考依据。方法对瑞丽市2021年3月29日 — 4月19日（以下简称新冠病毒原型株疫情）及2022年2月16日 — 3月26日（以下简称奥密克戎变异株疫情）两起新冠肺炎疫情的三间分布、核酸检测Ct值、潜伏期及密切接触者续发情况、聚集性疫情等方面进行对比描述性分析。结果两起疫情均由境外输入引起，新冠病毒原型株疫情以确诊病例为主占79.49 %（93/117），奥密克戎变异株疫情以无症状感染者为主，占81.77 %(314/384)，两起疫情感染者临床分型差异有统计学意义（χ² = 177.254，P < 0.001）；新冠病毒原型株疫情感染者确诊时核酸检测ORF1ab基因及N基因Ct值均高于奥密克戎变异株疫情，差异有统计学意义（Z = 6.089，6.924 ，P＜0.001）；奥密克戎变异株疫情＜15岁及 ≥ 60岁组占比较新冠病毒原型株疫情有较大幅度上升，两起疫情年龄分布差异有统计学意义（χ² = 33.236，P＜0.001）；两起疫情潜伏期M（P₂₅，P₇₅）分别为3（1，4.75）、3（2～5）d，差异无统计学意义（Z = – 1.54，P = 0.124），潜伏期＜7 d分别占 88.75 %和95.24 %；两起疫情密切接触者感染续发率为1.17 %（80/6833）、2.78 %（145/5223），其中核心密接续发率为6.3 %（58/920）、6.23 %（111/1782），一般密接、次密接中均无续发病例，两起疫情均显示在共同居住生活续发率最高，其次是聚餐；新冠病毒原型株疫情共发生聚集性疫情11起，占所有感染者的76.07 %，奥密克戎变异株疫情发生聚集性疫情48起，占所有感染者的33.85 %。结论奥密克戎变异株感染者无症状比例高于新冠病毒原型株感染者，但奥密克戎变异株传染性强于新冠病毒原型株。云南边境地区应加强对周边邻国新冠肺炎疫情态势研判，切实落实重点人群监测、密切接触者和次级密切接触者分类分层管理等防控措施，持续提高老年人、< 15岁等适龄人群的免疫接种和序贯接种覆盖率，以实现外防输入，动态清零的防控策略。
- 新冠肺炎疫情 /
- 新冠病毒原型株 /
- 奥密克戎变异株 /
- 流行特征 /
- 云南省边境地区
Abstract: Objective To examine the difference in epidemiological characteristics of coronavirus disease 2019 (COVID-19) epidemics caused by severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) prototype strain and Omicron variant in a border area of Yunnan province for providing references to real-time adjustment of regional measures on COVID-19 epidemic prevention and control. Methods Field surveys were conducted to collected relevant information on confirmed cases, asymptomatic infections, close contacts and secondary close contacts from two COVID-19 outbreaks in Ruili – a border city of Yunnan province: an epidemic during March 29 – April 19, 2021 caused by SARS-CoV-2 prototype strain based on whole gene sequencing (abbreviated as prototype-caused epidemic) and an another during February 16 – March 26, 2022 caused by SARS-CoV-2 Omicron variant BA.2 (variant-caused epidemic). Descriptive statistics were performed to compare epidemiological characteristics between the two COVID-19 outbreaks. Results Both the two outbreaks were induced by imported cases from abroad. The majority of sufferers were confirmed cases (93/117, 79.49%) for the prototype-caused epidemic and were asymptomatic infections (314/384, 81.77%) for the variant-caused epidemic, with a significant difference in the proportion between the two epidemics (χ² = 177.254, P < 0.001). In nucleic acid tests at the time of diagnosis, the cycle threshold (Ct) values of ORF1ab gene and N gene for the cases infected with SARS-CoV-2 prototype strain were significantly higher than those for the cases with SARS-CoV-2 Omicron variant infection (Z = 6.089, 6.924, P < 0.001). The proportions of cases aged < 15 years and > 60 years in the variant-caused epidemic were significantly higher than those in the prototype-caused epidemic (χ² = 33.236, P < 0.001). The incubation period (median [M], 25th percentile [P₂₅], 75th percentile [P₇₅]) for the secondary infections among close contacts was not significantly different between the two epidemics (3 [1,4.75] vs. 3 [2, 5], Z = – 1.54, P = 0.124), with 88.75% and 95.24% of the secondary infections having the incubation period less than 7 days for the prototype- and variant-caused epidemic. The secondary infection rate of close contacts was 1.17% (80/6 833) and 2.78% (145/5 223) and the rate of core close contact was 6.3% (58/920) and 6.23% (111/1782) for the prototype- and variant-caused epidemic. No secondary infection was detected among general close contacts and secondary close contacts and the secondary infection rate was the highest among the contacts living together with confirmed cases, followed by that among those having dinner with the confirmed cases. Totally 11 and 48 clustering epidemics were identified in the two COVID-19 outbreaks caused by SARS-CoV-2 prototype strain and Omicron variant, involving 76.07% and 33.85% of all diagnosed cases during the two outbreaks. Conclusion Compared to SARS-CoV-2 prototype strain, SARS-CoV-2 Omicron variant BA.2 exhibits higher infectivity and could result in more asymptomatic infections. The study results should be considered in developing measures on COVID-19 epidemic prevention and control.
- COVID-19 epidemic /
- SARS-CoV-2 prototype /
- SARS-CoV-2 Omicron variant /
- prevalence characteristics /
- border area of Yunnan province

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表 1 两起新冠肺炎疫情感染者基本人口学特征

类别		新冠病毒原型株疫情（n = 117）		奥密克戎变异株疫情（n = 384）		χ² 值	P 值
类别		病例数（例）	占比（%）	病例数（例）	占比（%）	χ² 值	P 值
性别	男	40	34.19	178	46.35	5.4	0.02
	女	77	65.81	206	53.65
年龄（岁）	0～	4	3.42	67	17.45	33.236	< 0.001
	15～	45	38.46	92	23.96
	30～	50	42.74	120	31.25
	45～	16	13.68	73	19.01
	60～	2	1.71	32	8.33
职业	农民	0	0	64	16.67	285.722	< 0.001
	无业	10	8.55	49	12.76
	服务业	5	4.27	56	14.58
	学生	1	0.85	45	11.72
	学龄前儿童	3	2.56	32	8.33
	从事闭环管理工作人员	0	0	41	10.68
	销售人员	97	82.91	27	7.03
	其他	1	0.85	70	18.23
地区分布	主城区	58	49.57	175	45.57	167.062	< 0.001
	姐告镇	59	50.43	27	7.03
	畹町镇	0	0	85	22.14
	其他乡镇	0	0	97	25.26

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表 2 两起新冠肺炎疫情感染者确诊时核酸检测Ct值比较[M(P₂₅，P₇₅)]

基因	新冠病毒原型株疫情	奥密克戎变异株疫情	Z 值	P 值
ORF1ab	26.63（22.18，31.08）	21.24（18.58，26.45）	6.089	< 0.001
N	26.72（23.21，30.93）	21.10（17.7，26.3）	6.924	< 0.001

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表 3 两起新冠肺炎疫情密切接触者不同暴露情况续发率

类别	新冠病毒原型株疫情			奥密克戎变异株疫情
类别	密接人数	续发病例数	续发率（%）	密接人数	续发病例数	续发率（%）
密切程度
核心密接	920	58	6.30	1782	111	6.23
次核心密接	5317	22	0.41	3184	34	1.07
一般密接	596	0	0	257	0
次密	3507	0	0	2337	0
核心密接年龄（岁）
< 15	92	3	3.26	214	33	15.42
15～29	305	22	7.21	443	30	6.77
30～44	239	27	11.30	628	27	4.30
45～59	71	5	7.04	329	10	3.04
≥ 60	11	1	9.09	90	10	11.11
不详	202	0	0.00	78	1	1.28
暴露场景
共同居住生活	396	28	7.07	1041	97	9.32
工作暴露	338	23	6.8	426	1	0.23
聚餐/聚会	186	7	3.76	315	13	4.13
日常交谈	760	8	1.05	1203	17	1.41
仅共处同一密闭空间无直接接触	1723	7	0.41	332	1	0.3
共用楼道/电梯	2834	7	0.25	1649	16	0.97
同乘交通工具	81	0	0	15	0	0
一般接触	170	0	0	174	0	0
购物/接触物品	211	0	0	68	0	0
不详	139	0	0
接触指示病例情况
仅接触1例确诊病例	4545	39	0.86	736	15	2.04
仅接触1例无症状感染者	1078	7	0.65	3338	49	1.47
接触2例及以上确诊病例	920	26	2.83	17	0	0
接触2例及以上无症状感染者	63	2	3.17	701	46	6.56
同时接触确诊病例及无症状感染者	227	6	2.64	431	35	8.12

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表 4 聚集性疫情发生情况

发生场所	新冠病毒原型株疫情				奥密克戎变异株疫情
发生场所	起数	感染人数	感染最少人数	感染最多人数	起数	感染人数	感染最少人数	感染最多人数
家庭内	3	6	2	2	45	122	2	6
工作场所	8	83	2	52	3	11	2	7
总计	11	89	2	52	48	133	2	7

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