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新冠病毒奥密克戎变异株感染者咽拭子样本全基因组测序分析

刘赞赞 解翠华 江亚娟 王小羽 窦慧馨 焦伯延

刘赞赞, 解翠华, 江亚娟, 王小羽, 窦慧馨, 焦伯延. 新冠病毒奥密克戎变异株感染者咽拭子样本全基因组测序分析[J]. 中国公共卫生, 2023, 39(1): 113-116. doi: 10.11847/zgggws1140061
引用本文: 刘赞赞, 解翠华, 江亚娟, 王小羽, 窦慧馨, 焦伯延. 新冠病毒奥密克戎变异株感染者咽拭子样本全基因组测序分析[J]. 中国公共卫生, 2023, 39(1): 113-116. doi: 10.11847/zgggws1140061
LIU Zan-zan, XIE Cui-hua, JIANG Ya-juan, . Whole-genome sequencing of SARS-CoV-2 Omicron variant strains isolated from pharyngeal swab samples in Shandong province[J]. Chinese Journal of Public Health, 2023, 39(1): 113-116. doi: 10.11847/zgggws1140061
Citation: LIU Zan-zan, XIE Cui-hua, JIANG Ya-juan, . Whole-genome sequencing of SARS-CoV-2 Omicron variant strains isolated from pharyngeal swab samples in Shandong province[J]. Chinese Journal of Public Health, 2023, 39(1): 113-116. doi: 10.11847/zgggws1140061

新冠病毒奥密克戎变异株感染者咽拭子样本全基因组测序分析

doi: 10.11847/zgggws1140061
基金项目: 山东省医药卫生科技发展计划项目(202112060725);济宁市重点计划研发项目(医学研究和临床医学类 – 2021018)
详细信息
    作者简介:

    刘赞赞(1984 – ),女,山东济宁人,主管技师,博士,研究方向:微生物检验

    通讯作者:

    焦伯延,E-mail:j198319831983@126.com

  • (解翠华同为本文第一作者)
  • 中图分类号: R 373.1;R 122.1+2

Whole-genome sequencing of SARS-CoV-2 Omicron variant strains isolated from pharyngeal swab samples in Shandong province

  • 摘要:   目的  对一起新型冠状病毒(SARS-CoV-2)奥密克戎(Omicron)变异株引起的疫情感染者咽拭子样本进行全基因组测序分析,为新冠病毒感染疫情防控提供参考依据。  方法  利用高通量测序技术对2022年4月山东省某县级市4例SARS-CoV-2感染者咽拭子样本进行全基因组测序,利用MEGA 7.0.14软件分析病毒同源性并构建进化树、分析变异位点等。  结果  4条SARS-CoV-2全基因组序列与参考株wuhan-hu-1相比同源性为99.76 %~99.77 %,在进化树上均位于奥密克戎BA.2进化分支;均发生多个基因位点变异和缺失,其中,A28271T变异致使N翻译起始区的 – 3位核苷酸由A变异为T;S蛋白LPP24-26缺失致使双色氨酸(WW)结构域的潜在结合基序PPAY25-28丢失。  结论  Omicron变异株出现大量变异位点,这些变异位点或与Omicron变异株传染性强、隐匿性高、引起临床严重程度低有一定关系。
    1)  (解翠华同为本文第一作者)
  • 图  1  新冠病毒基因进化分析

    表  1  新冠病毒基因变异分析

    基因名称蛋白名称基因变异位点蛋白变异位点
    5'UTR C241T
    ORF1ab NSP1 T670G、C2790T、C3037T、G4184A C4321TC6578T■ S135R;M85缺失●
    PLpro A8658G●、T9200C●、C9344T、A9424G、C9534T、C9866T T24R、G489S、L1287F■
    NSP4 C10029T、C10198T、G10447A、C10449A、C12781T▲■ K35R●、F216L●、L264F、T327R、L438F、T492I
    3CLpro C12880T、C14408T、C14724T、C15714T、C17410T P132F
    NSP6 A18163G、G19900A、C19955T、A20055G;ATG 518-520缺失● SGF106-108缺失
    RdRp 11288-11296缺失 P323L
    helicase R392C
    NSP14 I42V
    NSP15 A94T、T112I
    S S C21618T、G21987A、T22200G、G22578A、C22674T
    T22679C、C22686T、A22688G、G22775A、A22786C
    G22813T、T22882G、G22992A、C22995A、A23013C
    A23040G、A23055G、A23063T、T23075C、A23403G
    C23525T、T23599G、C23604A、C23673T▲■、C23854A
    G23948T、A24424T、T24469A、C25000T、21633-21641缺失
    T19I、A27S、G142D、V213G、G339D、S371F、S373P、S375F
    T376A、D405N、R408S、K417N、N440K、S477N、T478K
    E484A、Q493R、Q498R、N501Y、Y505H、D614G、H655Y
    N679K、P681H、S704L▲■、N764K、D796Y、Q954H、N969K
    LPP24-26缺失
    ORF3a ORF3a C25584T、C26060T T223I
    E E C26270T T9I
    M M C26577G、G26709A、C26858T Q19E、A63T
    ORF6 ORF6 A27259C、G27382C、A27383T、T27384C D61L
    ORF7b ORF7b C27807T
    ORF8 ORF8 A27898T K2I
    N翻译起始区 A28271T
    N N C28311T、C28606T、G28881A、G28882A、G28883C
    A29510C、28362-28370缺失
    P13L、R203K、G204R、S413R、ERS31-33缺失
      注:未标注代表4条序列共有变异;●代表感染者2序列变异;▲代表感染者3序列变异;■代表感染者4序列变异。
    下载: 导出CSV
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出版历程
  • 收稿日期:  2022-08-15
  • 网络出版日期:  2023-01-17
  • 刊出日期:  2023-01-31

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